সিরাজগঞ্জের সিনিয়র জুডিশিয়াল ম্যাজিস্ট্রেট আদালত এ গ্রেফতারি পরোয়ানা জারি করেন। এর আগে, আমির হামজাকে ১৯ এপ্রিল আদালতে হাজির হওয়ার নির্দেশ দিয়ে সমন জারি করেছিলেন তিনি। তবে হাজির না হওয়ায় তার বিরুদ্ধে এই আদেশ দেন বিচারক।এর আগে, ২৬ মার্চ বিদ্যুৎ, জ্বালানি ও খনিজ সম্পদমন্ত্রী ইকবাল হাসান মাহমুদ ১৯৭১ সালের মহান মুক্তিযুদ্ধ ও বীর মুক্তিযোদ্ধাদের সম্মান জানিয়ে একটি বক্তব্য দেন। সেই বক্তব্যকে ঘিরে কুষ্টিয়া সদর উপজেলার হাটশ হরিপুর বড় জামে মসজিদে জুমার নামাজের খুতবার আগে আলোচনায় তাকে নাস্তিক ও ইসলামবিদ্বেষী বলে মন্তব্য করেন আমির হামজা। পরে তার বিরুদ্ধে একাধিক মানহানি মামলা করা হয়।একটি মামলার বাদী জজ আদালতের অতিরিক্ত পাবলিক প্রসিকিউটর (পিপি) ও জেলা আইনজীবী সমিতির সাধারণ সম্পাদক অ্যাডভোকেট হুমায়ুন কবির কর্নেল বলেন, মুফতি আমির হামজা সিরাজগঞ্জের কৃতী সন্তান বিদ্যুৎ, জ্বালানি ও খনিজ সম্পদ মন্ত্রী ইকবাল হাসান মাহমুদ টুকুকে ‘নাস্তিক’ বলে উল্লেখ করেছেন, যা মানহানিকর।
একই অভিযোগে সিরাজগঞ্জ সদর আমলি আদালতে বিএনপি নেতা অ্যাডভোকেট নাজমুল ইসলাম বাদী হয়ে আমির হামজার বিরুদ্ধে ১০০ কোটি টাকার আরেকটি মানহানির মামলা করেন। ওই মামলাটি তদন্তের জন্য পুলিশ ব্যুরো অব ইনভেস্টিগেশনকে (পিবিআই) নির্দেশ দেন আদালত।
